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RDKit简介

ifyoung • • AI药物 • 阅读 2256

RDKit是一款化学信息学分子操作软件包。在2000-2006年期间在Rational Discovery开发和使用，用于构建吸收、分布、代谢、代谢、毒性和生物活性的预测模型。
2006年6月Rational Discovery被关闭，但该工具包在BSD许可证下作为开源发布。目前，RDKit的开源开发由诺华积极贡献，其中包括诺华捐赠的源代码。

开源化学信息学工具包

  • RDKit在2000-2006年期间在Rational Discovery开发和使用，用于构建吸收、分布、代谢、代谢、毒性和生物活性的预测模型。
  • 2006年6月Rational Discovery被关闭，但该工具包在BSD许可证下作为开源发布。
  • 目前，RDKit的开源开发由诺华积极贡献，其中包括诺华捐赠的源代码。

RDKit特点

  • 商业友好型BSD许可证
  • 核心数据结构和算法由C ++编写
  • 使用Boost.Python生成的Python 3.x包装器
  • 用SWIG生成的Java和C＃包装器
  • 2D和3D分子操作
  • 机器学习与深度学习的分子指纹和分子描述符生成
  • PostgreSQL分子数据库集成
  • KNIME的化学信息学Node

        RDKit提供各种功能，如不同的化学I/O格式，包括SMILES/SMARTS，结构数据格式（SDF），Thor数据树（TDT），Sybyl线符号（SLN），mol2和蛋白质结构文件（PDB）。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持；化学转化；化学反应；分子序列化；相似性/多样性选择；二维药效团；三维维药效团；分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架；逆合成组合分析及分子碎裂（RECAP）; 多分子最大共同亚结构；功能图；基于形状的相似性；基于RMSD的分子比对；基于形状的对齐；使用Open3-DALIGN算法的无监督分子-分子比对；与PyMOL进行3D可视化集成；功能基团过滤；分子描述符库；相似图；机器学习等等

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