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RDKit简介

RDKit是一款化学信息学分子操作软件包。在2000-2006年期间在Rational Discovery开发和使用,用于构建吸收、分布、代谢、代谢、毒性和生物活性的预测模型。
2006年6月Rational Discovery被关闭,但该工具包在BSD许可证下作为开源发布。目前,RDKit的开源开发由诺华积极贡献,其中包括诺华捐赠的源代码。

开源化学信息学工具包

  • RDKit在2000-2006年期间在Rational Discovery开发和使用,用于构建吸收、分布、代谢、代谢、毒性和生物活性的预测模型。
  • 2006年6月Rational Discovery被关闭,但该工具包在BSD许可证下作为开源发布。
  • 目前,RDKit的开源开发由诺华积极贡献,其中包括诺华捐赠的源代码。

RDKit特点

  • 商业友好型BSD许可证
  • 核心数据结构和算法由C ++编写
  • 使用Boost.Python生成的Python 3.x包装器
  • 用SWIG生成的Java和C#包装器
  • 2D和3D分子操作
  • 机器学习与深度学习的分子指纹和分子描述符生成
  • PostgreSQL分子数据库集成
  • KNIME的化学信息学Node

        RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),mol2和蛋白质结构文件(PDB)。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;三维维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析及分子碎裂(RECAP); 多分子最大共同亚结构;功能图;基于形状的相似性;基于RMSD的分子比对;基于形状的对齐;使用Open3-DALIGN算法的无监督分子-分子比对;与PyMOL进行3D可视化集成;功能基团过滤;分子描述符库;相似图;机器学习等等

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