为了开发用于预测任务的强大模型，需要考虑的最重要的事情之一是如何通过描述符有效地表示正在研究的分子，例如小分子、蛋白质、DNA 甚至复杂的相互作用。使用 PyBioMed，您可以分析和表示正在研究的各种复杂分子数据。PyBioMed是Python环境下进行分子描述符计算的最佳工具之一。
1. 介绍
为了开发用于预测任务的强大模型，需要考虑的最重要的事情之一是如何通过描述符有效地表示正在研究的分子，例如小分子、蛋白质、DNA 甚至复杂的相互作用。使用 PyBioMed，您可以分析和表示正在研究的各种复杂分子数据。我们希望这些包在系统生物学背景下探索有关各种分子数据的结构、功能和相互作用的问题时会有所帮助。 PyBioMed 是一个功能丰富的 Python 包，用于表征各种复杂的生物分子和相互作用样本，例如作为化合物，蛋白质，DNA和它们之间的相互作用。PyBioMed 可以计算九种特征，包括化学描述符或分子指纹、来自氨基酸序列的蛋白质和肽的结构和理化特征、来自其一级序列的 DNA 组成和理化特征、化合物-化合物相互作用特征、化合物-蛋白质相互作用特征。化合物-DNA 相互作用特征、蛋白质-蛋白质相互作用特征、蛋白质-DNA 相互作用特征和 DNA-DNA 相互作用特征。PyBioMed 还可以预处理分子结构、蛋白质序列和 DNA 序列。为了方便用户，PyBioMed 提供了从Internet 获取分子结构、蛋白质序列和DNA 序列的模块。PyBioMed是Python环境下进行分子描述符计算的最佳工具之一。
2. 特色优势
- 提供用于预处理分子、蛋白质序列和 DNA 序列的功能
- 从分子结构计算化学描述符或分子指纹
- 从氨基酸序列计算蛋白质和肽的结构和理化特征
- 从 DNA 的一级序列计算 DNA 的组成和理化特征
- 计算相互作用特征包括小分子-小分子相互作用特征、小分子-蛋白质相互作用特征、小分子-DNA相互作用特征、蛋白质-蛋白质相互作用特征、蛋白质-DNA相互作用特征和DNA-DNA相互作用特征
- 通过分子ID、蛋白质ID和DNA ID从互联网上获取分子结构、蛋白质序列和DNA序列
3. 软件获取
主页：http : //projects.scbdd.com/pybiomed.html
GitHub: https://github.com/gadsbyfly/PyBioMed
安装：https : //github.com/gadsbyfly/PyBioMed
文档：http : //projects.scbdd.com/pybiomed/index.html
3. 参考文献
- Dong J, Yao Z J, Zhang L, et al. PyBioMed: a python library for various molecular representations of chemicals, proteins and DNAs and their interactions [J]. Journal of Cheminformatics, 2018, 10(1): 16.
原创文章，作者：ifyoung，如若转载，请注明出处：https://www.drugfoodai.com/pybiomed.html
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