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肠道菌群分析和机器学习算法揭示精准营养在干预代谢综合征中的作用

2021年7月30日,介绍一篇由中国科学院上海营养与健康研究所陈雁研究组和林旭研究组在国际学术期刊Molecular Nutrition & Food Research发表的研究论文。该文揭示了肠道菌群在指导精准营养干预改善代谢综合征中的重要作用。

摘要 

2021年7月30日,介绍一篇由中国科学院上海营养与健康研究所陈雁研究组和林旭研究组在国际学术期刊Molecular Nutrition & Food Research发表的研究论文。该文揭示了肠道菌群在指导精准营养干预改善代谢综合征中的重要作用。

1. 简介

花生被广泛用作膳食成分和零食,并且根据其营养成分通常被认为是健康食品。以前的研究表明,用花生代替一些主食的低碳水化合物饮食可以改善 2 型糖尿病患者的血糖水平。最近的临床研究还表明,食用花生代替白米可能会降低中国成年人的 MetS 风险。然而,花生替代干预是否会影响患有 MetS 风险的成年人的微生物群配置以及肠道微生物群是否对干预的反应性有影响尚不清楚。在这项研究中,作者检查了一项对患有 MetS 风险的成年人进行花生干预的临床试验中肠道微生物群的概况,并分析了肠道微生物群组成与多种人体测量和代谢参数对花生摄入量的反应性之间的关联。肠道菌群分析和机器学习算法揭示精准营养在干预代谢综合征中的作用

图1. 实验设计和分析流程的图。

2. 简要结果概述

本研究分析了一项为期 12 周的随机临床试验中受试者的肠道微生物群,比较了花生或等热量碳水化合物棒的摄入量。据观察,响应花生消费的多个临床和人体测量参数存在很大的个体间差异。同时,肠道微生物群的组成也具有高度的个体特异性,横向或纵向比较时变化很小。本研究采用机器学习算法,利用花生干预受试者的微生物组数据和不同参数的响应数据建立预测模型。结果发现,MetS 风险和许多参数的改善,包括舒张压、体重、腰围、总之,这项研究的结果表明,个体肠道微生物群的配置可能会调节宿主代谢并改变个体对花生干预的反应,从而突出了个性化营养的重要性。

3. 机器学习分析

作者应用机器学习的算法(主要是随机森林算法),利用干预前样本的菌群测序数据特征建立了针对每个指标和代谢综合征整体风险逆转情况的响应预测模型。随机森林是基于 R 包 randomForest 构建的。作者构建了500棵决策树,并通过平均下降精度 (MDA) 来评估每个临床指标的重要性。通过重复随机选择过程 500次,树在无剪枝的情况下生长到最大程度。使用包 plotROC 对 R 中的每个预测模型进行 ROC 分析,并通过曲线下面积 (AUC) 对其进行评估。

在作者检测的9项临床指标中,有6项指标的预测模型都取得了一定的预测效果(ROC曲线下面积AUC>0.70),特别是在舒张压(DBP)和体重的干预效果预测上达到了较高的准确度(ROC曲线下面积分别为AUC=0.91和AUC=0.8);另外,代谢综合征整体风险逆转情况也可通过建立的模型达到较好的预测效果(ROC曲线下面积为AUC=0.71)肠道菌群分析和机器学习算法揭示精准营养在干预代谢综合征中的作用

图2. 使用肠道微生物组数据可以预测花生干预对多个参数和总MetS风险的个体反应性。 对 DBP (A)、体重 (B)、腰围 (C)、空腹血糖 (D)、HDL-C (E)、SBP (F) 和总体MetS风险(G)预测模型的 ROC 分曲线下面积 (AUC)。

# 参考文献 #

Wang S, Zhang L, Wang D, et al. Gut Microbiota Composition is Associated with Responses to Peanut Intervention in Multiple Parameters Among Adults with Metabolic Syndrome Risk[J]. Molecular Nutrition & Food Research, 2021: 2001051.

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