完美配置Linux/UBuntu中依赖于rjava或者Openbabel的软件环境

在安装ChemmineOB等依赖rjava的软件时候需要先配置java环境。同时ChemmineOB还依赖于Openbabel。笔者在这里为大家记录如何配置这类环境。因为这类环境实在是很折腾人。依赖于底层软件的包安装起来就是这么费劲。

第一步：ubuntu（14.04）中更新源之后升级r-base。之后可以选择安装rstudio。

第二步：配置rjava。首先配置ubuntu的java环境：

打开终端，使用下面的命令：

java –version

如果你看到像下面的输出，这就意味着你并没有安装过Java:

The program ‘java’ can be found in the following packages:
*default–jre
* gcj–4.6–jre–headless
* openjdk–6–jre–headless
* gcj–4.5–jre–headless
* openjdk–7–jre–headless
Try: sudo apt–get install

根据需要选择安装。这里笔者安装过程如下：

sudo add–apt–repository ppa:webupd8team/java
sudo apt–get update
sudo apt–get install oracle–java8–installer
sudo apt–get install oracle–java8–set–default

第三步：确认java环境：

在启动终端并输入

gedit /etc/profile

在末尾添加一下配置，保存并退出

#set jdk environment
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/jre/lib:$CLASSPATH
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$JAVA_HOME/jre/bin:$PATH

终端输入一下命令使配置生效

source /etc/profile

最好在.bashrc里面也给出相同的配置。

第四步：安装rjava：

报错：

conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory

compilation terminated.

make: *** [conftest.o] Error 1

Unable to compile a JNI program

checking Java support in R… present:
interpreter : ‘/usr/lib/jvm/jdk1.7.0_25/jre/bin/java’
archiver : ‘/usr/lib/jvm/jdk1.7.0_25/bin/jar’
compiler : ‘/usr/lib/jvm/jdk1.7.0_25/bin/javac’
header prep.: ‘/usr/lib/jvm/jdk1.7.0_25/bin/javah’
cpp flags : ”
java libs : ”
configure: error: One or more Java configuration variables are not set.
Make sure R is configured with full Java support (including JDK). Run
R CMD javareconf
as root to add Java support to R.

If you don’t have root privileges, run
R CMD javareconf -e
to set all Java-related variables and then install rJava.

发现虽然经过source。但是java环境并没有通过R CMD javaeconf的配置。这时候应该重启电脑。

重启后正确的结果应该是输入R CMD javareconf 得到：

Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin/java
Java version     : 1.8.0_121
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-8-oracle
Java compiler    : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/jar

JAVA_HOME : /usr/lib/jvm/java-8-oracle
Java library path: $(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

红色部分通过了就表示你rjava环境配置好了。这时候可以直接通过rstudio的命令：

install.packages(‘rjava’)来安装rjava了。

第五步：安装openbabel。

这个openbabel提供了软件本身，gui版本，还有各类语言的扩展，比如python-openbabel。笔者在这里吃亏很严重。因为直接安装ChemmineOB等依赖openbabel的包是不可能行的。除非特殊情况的版本合适，配置默认。直接安装会提示找不到openbabel/generic.h的头文件。

首先我们尝试在软件中心安装openbabel软件本身。发现仍不能安装ChemmineOB。在ChemmineOB的官网description里面找到一些提示。其针对win和linux都有提示。

Compling with OpenBabel in a non-standard location
—————————————————
If the OpenBabel include and/or library files are not in one of the default
search paths (e.g., /usr/lib,/usr/include, /usr/local/lib,/usr/local/include), then you must set the
following environment variables before installing the ChemmineOB package:

OPEN_BABEL_INCDIR = path to header files
OPEN_BABEL_LIBDIR = path to shared (.so) library file

These values can also be set through command line switches to the configure scripts:

R CMD INSTALL –configure-args=’–with-openbabel-include=… –with-openbabel-lib=…’ ChemmineOB.tgz

where the ‘…’ are replaced by the relevant paths.

因此尝试根据提示重新更改configure参数来安装。发现仍然失败，原因在于lib文件.so文件可以找到。但是with-openbabel-include还是不对。

这里的关键在于这个头文件是存在于dev包里面的。所以。。笔者建议安装synaptic package manager。在里面输入babel。找到libopenbabel-dev然后安装然后最终成功。

最终安装命令：

install.packages(“~/Downloads/ChemmineOB_1.12.0.tar.gz”, configure.args = c(“–with-openbabel-include=/usr/include/openbabel-2.0”, “–with-openbabel-lib=/usr/lib/libopenbabel.so”), repos = NULL, type = “source”)

这里特别注意openbabel-2.0里面还有一层目录。这里多写一层也会出错。汗。。

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原创文章，作者：ifyoung，如若转载，请注明出处：https://www.drugfoodai.com/ubuntu-rjava.html